台北國稅局表示，機關團體在所得稅申報時要留意四點常見的錯誤樣態，分別為一、誤將承辦政府委辦業務收入，列為銷售貨物或勞務以外的收入；二、漏未申報利息收入；三、將股票股利列為當年度的收入，及計入支出比例的分母，導致未能正確計算當年度的結餘款及支出比例；四、購買未經主管機關核准的國外股票或基金。
官員表示，教育、文化、公益、慈善機關（簡稱機關團體）符合規定者免納所得稅。首先，機關團體承辦政府委辦業務，取得政府給予的政府補助款，屬於銷售貨物，或提供勞務給他人以取得代價的銷售貨物或勞務行為，所取得的收入應計入當年度收入總額，依規定徵免所得稅。
不過許多機關團體常常將承辦政府委辦業務收入，列為銷售貨物或勞務以外的收入，或誤認實報實銷未產生所得，而未計入銷售貨物的收入及成本費用，影響銷售貨物或勞務所得的正確性。
第二，機關團體將依法提撥的基金或準備金，專戶存放於金融機構，產生的利息屬銷售貨物或勞務以外的收入。官員表示，機關團體漏未申報利息收入，導致漏報收入金額超過新台幣10萬元，且短漏報收入占核定全年收入的比率超過10%，不符合免稅適用標準的規定，除了當年度全部結餘款依法課徵所得稅外，短漏報的所得會依規定處罰。
第三、機關團體獲配國內營利事業的股利收入，不論現金股利或股票股利，均應計入銷售貨物或勞務以外的收入。官員指出，許多機關團體未將股票股利列為當年度的收入，及計入支出比例的分母，導致未能正確計算當年度的結餘款及支出比例。
第四、機關團體的基金及各項收入，如果用於購買股票或基金，依免稅適用標準規定，僅能購買國內上市、上櫃公司股票，或國內證券投資信託公司發行的受益憑證，如果購買未經主管機關核准的國外股票或基金，即不符合免稅適用標準的規定，應就當年度全部結餘款課徵所得稅。